Dokumen Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) disusun dengan mengacu dan memperhatikan dokumen perencanaan nasional, provinsi maupun daerah sekitarnya. Dalam Undang Undang Nomor 25 tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional, rencana pembangunan daerah memiliki keterkaitan dan terintegrasi dengan perencanaan pembangunan nasional maupun provinsi. Gambar berikut menunjukkan keterkaitan antara dokumen RPJMD dan RPJPD serta keterkaitan dengan dokumen perencanaan pembangunan pemerintah pusat. Dengan keterkaitan tersebut diharapkan akan tercipta sinkronisasi antara dokumen perencanaan pusat dan daerah.
Gambar Keterkaitan antara Dokumen Perencanaan Pusat dan Daerah
Penyusunan RPJMD Kabupaten/Kota harus berpedoman pada RPJPD Kabupaten/Kota dan memperhatikan RPJM Nasional serta RPJM Provinsi. Lalu, pada tahap selanjutnya RPJMD Kabupaten/Kota akan dijabarkan dalam Rencana Strategis (Renstra) Perangkat Daerah yang berfungsi sebagai pedoman teknis operasional untuk memberikan arah kebijakan pembangunan yang disertai indikasi program dan kegiatan untuk setiap bidang/fungsi pemerintahan dalam jangka waktu lima tahun. Selanjutnya RPJMD Kabupaten/Kota akan dijabarkan menjadi rencana tahunan daerah yang disebut Rencana Kerja Pemerintah Daerah (RKPD) yang diacu oleh Perangkat Daerah untuk dijabarkan menjadi Rencana Tahunan SKPD yang disebut Rencana Kerja (Renja). Dokumen Renja ini akan menjadi dasar Perangkat Daerah dalam mengusulkan RKA Perangkat Daerah dan selanjutnya akan dirangkum menjadi RAPBD. Dokumen ini akan ditindaklanjuti menjadi APBD dan akhirnya menjadi dokumen pelaksanaan anggaran atau DPA Perangkat Daerah. Dengan demikian, RPJMD merupakan penjabaran dari rencana jangka panjang dan menjadi dasar rencana jangka pendek sampai ke penganggarannya. Penyusunan RPJMD Kabupaten/Kota juga harus memperhatikan Rencana Tata Ruang Wilayah (RTRW) yang memberi acuan mengenai struktur dan pola ruang terkait dengan rencana pelaksanaan program-program pembangunan, agar kebijakan dan sasaran dalam RPJMD selaras dengan atau tidak menyimpang dari arah kebijakan RTRW Provinsi dan RTRW Kabupaten/Kota. Selain memperhatikan RTRW, penyusunan RPJMD Kabupaten/Kota juga memperhatikan Kajian Lingkungan Hidup Strategis (KLHS). Hal ini bertujuan agar dapat tercipta keselarasan antara kebijakan, rencana, dan program pembangunan dengan kaidah pembangunan berkelanjutan, sehingga mampu mengelola potensi yang menimbulkan dampak dan/atau resiko lingkungan hidup di Kabupaten/Kota.